Usagi Tsukino todavía está luchando por equilibrar su vida hogareña con los deberes de ser Sailor Moon, la guardiana del amor y la justicia. Junto con las otras Guardianes Sailor y su novio Mamoru Chiba, comienzan a investigar casos de estudiantes de la Academia Mugen, una escuela para los estudiantes más elitistas, que están siendo transformados en monstruos. Durante la investigación, se encuentran con tres personas extrañas: Haruka Tenou, un apuesto piloto de carreras; Michiru Kaiou, una talentosa violinista; y Hotaru Tomoe, una chica misteriosa con una constitución débil.
A medida que ocurren más incidentes, las Guardianes Sailor se encuentran con otra sorpresa: la aparición de dos nuevos protectores planetarios con sus propios motivos. A pesar de la cuestionable lealtad de los recién llegados a Usagi y sus camaradas, todos enfrentan una amenaza de un enemigo común: una entidad malvada que se hace llamar Faraón 90.
