Cuando la tragedia está a punto de producirse, Satoru Fujinuma se encuentra con que ha sido enviado al pasado varios minutos antes de que se produzca el accidente. Este desapegado dibujante de manga de 29 años se ha aprovechado de este poderoso y misterioso fenómeno, al que llama "Revival", para salvar muchas vidas.
Sin embargo, cuando se le acusa injustamente de asesinar a alguien cercano, Satoru es enviado al pasado una vez más, pero esta vez a 1988, 18 años atrás. Pronto se da cuenta de que el asesinato puede estar relacionado con el secuestro y asesinato de una de sus compañeras de clase, la solitaria y misteriosa Kayo Hinazuki, que tuvo lugar cuando él era un niño. Esta es su oportunidad de arreglar las cosas.
Boku dake ga Inai Machi sigue a Satoru en su misión de descubrir lo que realmente ocurrió hace 18 años y evitar la muerte de su compañera de clase mientras protege a sus seres queridos en el presente.
