Bajo las doctrinas de la Quirk Doomsday Theory, el grupo ideológico Humarise está convencido de que todos los humanos con rarezas están enfermos y deben ser erradicados. Para reconstruir el mundo, los extremistas del grupo han construido un dispositivo letal conocido como "Trigger Bomb" que hace que las personas con rarezas pierdan el control y mueran. Su líder, Flect Turn, evade la captura de los Pro Héroes desplegados por todo el mundo.
Durante su estudio de trabajo en el país de Otheon con el Pro Hero número uno de Japón, Izuku "Deku" Midoriya es acusado de un crimen que no ha cometido. Involucrando involuntariamente a Roddy Soul, un lugareño, Deku pronto se encuentra a la fuga con el chico. Ahora depende de Rody, Deku y los compañeros de clase de Deku detener el complot de Trigger Bomb puesto en marcha por Flect, todo ello mientras se elude a los otros miembros persistentes de Humarise.
