La historia se centra en las habilidades especiales que florecen en un pequeño porcentaje de chicos y chicas durante su pubertad. Yuu Otosaka utiliza sus poderes sin que nadie sepa que los tiene, y vive una vida normal como un estudiante más. O al menos esa era su vida antes de que apareciese una chica, Nao Tomori. Desde su encuentro con ella, el destino de los que utilizan poderes especiales estará expuesto al público…