Después de que Makoto Naegi y sus compañeros sobrevivientes escaparon de Hope's Peak Academy al mundo más allá, pronto se unen a Future Foundation, una organización dedicada a combatir la desesperación. Justo cuando todo parece estar mejorando, Naegi es arrestado y juzgado por traición debido a la defensa de un grupo malicioso de Remnants of Despair. De pie ante todos los ejecutivos de la Future Foundation, se encuentra a sí mismo, junto con Kyouko Kirigiri y Aoi Asahina, enfrentando un destino desconocido.
El asunto en cuestión solo se intensifica cuando la seguridad supuestamente impenetrable de la organización es pirateada por un rostro familiar: Monokuma. Para gran horror de Naegi, el oso mecánico anuncia inmediatamente el comienzo de un nuevo juego de matar, ya que momentos después, la primera víctima aparece como una señal de desesperación para reanudar su brutal conquista.
En la conclusión de la apasionante historia de esperanza y desesperación de Danganronpa, Naegi, el estudiante afortunado de la escuela secundaria superior, debe desentrañar una vez más el misterio mientras sus colegas y amigos comienzan a caer ante él. Sin embargo, no hay más pruebas de clase; entre los 16 participantes desesperados, solo hay un asesino, y su muerte significa el final de este juego infernal.
