Hope's Peak Academy es una escuela secundaria de élite que acepta solo a los estudiantes más talentosos. Las personas que se inscriben con éxito reciben sus propios títulos únicos, que reflejan adecuadamente sus habilidades y rasgos. De los quince candidatos admitidos en la escuela peculiar ese año, Makoto Naegi es un individuo completamente común que ha sido aceptado por pura casualidad, con el título de "Suerte a nivel de escuela secundaria superior".
Naegi y sus compañeros de clase están inicialmente encantados de ser elegidos para estudiar en esta prestigiosa institución, pero estos sentimientos de felicidad duran poco. Pronto se enfrentan a Monokuma, el director y oso residente, que los atrapa dentro de la escuela. Las esperanzas de escapar y graduarse dependen de que uno de ellos asesine con éxito a uno de sus compañeros sin ser descubierto. Sin embargo, si el asesino es capturado, será ejecutado y los sobrevivientes restantes continuarán el combate a muerte hasta que solo quede un único vencedor.
