Tras los sucesos de 02, todo vuelve por fin a la normalidad. Hasta que un icono extrañamente familiar empieza a aparecer en los sistemas informáticos de todo Japón. Y no sólo sistemas informáticos... Televisores, teléfonos móviles, videojuegos; cualquier cosa con una pantalla con capacidades online. Y este icono parece estar buscando a alguien... Yagami Taichi, e Ishida Yamato, quienes lo derrotaron varios años antes. Sí, resulta que este Digimon medusa es en realidad Diablomon, el Digimon de tipo Virus que fue derrotado en la segunda película. Pero esta vez, ha aprendido a hacerse físico, y está enviando miles de copias de sí mismo al mundo real.
Koushiro y Ken idean un plan para librar al mundo del virus de una vez por todas, pero será necesaria la ayuda de todos los Destinados, pasados y presentes. Una vez más, se trata de una carrera contrarreloj para detener el complot de Diablomon... pero incluso eso está envuelto en sombras.
¿Bastará el renacimiento de Omegamon para detener a Diablomon por segunda vez, o serán los millones de copias suficientes para aumentar el poder del "Digimon Campeón de la Justicia"? Por supuesto, no ha visto la nueva raza de Elegidos, ni las nuevas técnicas. Es una lucha hasta el final, con la destrucción de Tokio en juego.
