Después del segundo impacto, los restos de Japón se encuentran en Tokyo-3, una ciudad que está siendo atacada por gigantes criaturas que persiguen erradicar la especie humana, llamadas Ángeles. Después de no ver a su padre en más de 8 años, Shinji Ikari recibe una llamada para acudir urgentemente al cuartel general de NERV, una organización que se encarga de la destrucción de los ángeles utilizando robots gigantes llamados Evas. El objetivo de Shinji es pilotar el Eva número 1 juntamente con la piloto del Eva número 0, Ayanami Rei.