Tras el intento fallido de NERV de recuperar las lanzas de Longinus y llevar a cabo el Proyecto de Instrumentalidad Humana, la destrucción causada por el Cuarto Impacto se ha evitado en gran medida. En un estado de confusión, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami y Rei Ayanami viajan a la Aldea 3, un asentamiento de supervivientes libre de la ruina de la Tierra. Allí, Shinji acepta poco a poco su pasado, desarrollando una vida completamente diferente a la de sus días como piloto de Evangelion.
Mientras tanto, NERV hace preparativos para continuar el Proyecto Instrumentalidad mediante un nuevo Impacto. Cuando la principal nave de combate aéreo de NERV llega a la aldea, Shinji decide embarcar, creyendo que puede ayudar pilotando un Evangelion. A medida que se descubren nuevos secretos y se acerca una batalla entre WILLE y NERV, el futuro de la Tierra pende de un hilo. ¿Podrá Shinji salvar a la humanidad y al resto del mundo por última vez?
