En un mundo futurista donde la Tierra ha sido invadida y está en guerra con los extraterrestres de otra dimensión llamada Nova, la historia narra las aventuras de un chico japonés llamado Kazuya Aoi que se alista para entrenarse en una escuela especial para chicas genéticamente modificadas, llamadas Pandoras, que luchan contra los extraterrestres, y sus parejas masculinas llamados Limiters que usan un poder especial llamado “freezing” (congelación) para limitar la habilidad del contrincante.

El protagonista se hace amigo de una chica llamada Satellizer el Bridget que parece ser la Pandoras más poderosa de la clase, pero aun no tiene una pareja asignada, y decide convertirse en su Limiter.