En este mundo existen alquimistas, personas que estudian y realizan el arte de la alquimia: manipulan objetos y transforman objetos en otros. Los alquimistas están limitados por la ley fundamental de la alquimia: para obtener algo debes sacrificar algo del mismo valor.
El personaje principal es el famoso alquimista Edward Elric conocido como Fullmetal Alchemist el cual casi perdió a su hermano menor, Alphonse, en un accidente alquímico. Edward logró unir el alma de su hermano a un gran armadura. Aunque logró salvar la vida de su hermano, lo pagó con el terrible precio de sus extremidades.
Para recuperar lo que han perdido, los hermanos se embarcan en un viaje para encontrar la piedra filosofal que se comenta permite ampliar los poderes de un alquimista enormemente.
Fullmetal Alchemist: Brotherhood es una re-narración de la historia desde el punto de vista del manga.
