Un niño llamado Sosuke rescata a un pez llamado Ponyo y se embarcan en un viaje fantástico de amistad y descubrimiento antes de que el padre de Ponyo, un poderoso hechicero, la fuerza a retornar a su casa en el mar. Pero el deseo de Ponyo por ser humana enfada al balance de la naturaleza causando una enorme tormenta. Sólo la madre de Ponyo, una preciosa diosa del mar, puede recuperar el balance y cumplir el sueño de Ponyo.