La historia se sitúa inmediatamente después de los acontecimientos de Grisaia no Meikyū, con Yūji Kazami haber sido detenido por presunta relación con una organización terrorista internacional, encabezada por brezo de Oslo, que ha logrado entrar en las fronteras de Japón con una nueva devastadora arma de destrucción masiva en la mano. Mientras tanto, en la Academia de Mihama, los estudiantes restantes se encuentran con el tiempo corriendo - debido a problemas financieros, la escuela se encuentra a cerrar dentro de un mes. ¿El año pasado, sin embargo, las chicas de Mihama finalmente han empezado a encontrar que sus propias piernas, gracias a la participación de Yuuji - son sólo van a esconder sus cabezas en la arena y dejar que el mundo cambia a su alrededor? Y están dispuestos a dejar que el hombre que cambió su vidas resbalón lejos sin más que tratar de reconquistarlo. Mientras se acerca el final de su tiempo en la Academia de Mihama, Amane, Makina, Sachi, Yumiko y Michiru se encuentran al llegar a una conclusión única.
¿Cuánto un grupo de estudiantes puede hacer frente a los países y organizaciones mucho más grandes que cualquier persona podría aspirar a ser aún está por verse. En primer lugar, posición de Yuuji es mucho más complicado que cualquiera de ellos podría haber imaginado, como él se encuentra envuelto en un elaborado juego de ajedrez súper político giran en torno a sí mismo y un nuevo sistema inconcebible dormidos en las profundidades del CIRS - un sistema que Yuuji puede tener más de una conexión a lo que cree. Una cosa es cierta, aunque - las chicas de Mihama ya no están dispuestas a dejar que el mundo robar cosas de ellos sin al menos un poco de resistencia primero. Y con la ayuda de un misterioso individuo conocido sólo como Thanatos, que sólo pueden lograr su objetivo.
