Gen Kudou, un fabricante de koto, cree que su nieto delincuente Chika nunca entenderá la profundidad del instrumento musical tradicional. En un intento por compensar su ingenuidad y comprender las palabras de su difunto abuelo, Chika intenta unirse al club de koto del instituto Tokise.
Aunque el club está muy necesitado de miembros, el nuevo presidente del club, Takezou Kurata, no está dispuesto a aceptar fácilmente la solicitud de Chika debido a su mala reputación. No obstante, tras ver la seriedad y el entusiasmo de Chika, Takezou permite que el chico problemático se una, junto con la prodigio del koto Satowa Houzuki y tres de los enérgicos amigos de Chika. Kono Oto Tomare! sigue a la alegre banda de músicos mientras aspiran a tocar en el concurso nacional.
