“Tus deseos más íntimos determinan tu verdadero propósito.”

En Koukaku no Pandora, dos jóvenes cyborgs se cruzan en un crucero rumbo a la impresionante Isla del Cenáculo, un popular destino tropical que no sólo ofrece lujo de vacaciones de clase mundial, impresionantes paisajes y servicios, sino también tecnología de vanguardia. Durante su corto viaje, las dos son de alguna manera capaces de crear una amistad poco convencional. Sin embargo, su vínculo fatídico pronto se ve amenazado cuando una explosión inesperada, al llegar, provoca el caos en la isla.

Nene Nanakorobi, una cyborg joven y burbujeante que no quiere otra cosa que la paz universal, trata de superar sus miedos para encontrar a su nueva amiga, Clarion. Posponiendo su plan inicial para visitar la isla, ella valientemente se enfrenta a sus limitaciones y debilidades con el fin de salvar a su amiga, porque para eso son los amigos. ¿Pueden Nene y Clarion encontrar su camino de nuevo? ¿Serán capaces de detener (o incluso encontrar) el portador del desorden? ¿O serán destruidos en el proceso?