Hace años, la humanidad estuvo a punto de ser aniquilada por enormes insectos mágicos con armadura que se habían vuelto demasiado fuertes y agresivos para ser manejados. Debido a estos bichos gigantes, los humanos ya no viven en la tierra, sino en ciudades flotantes. Sin embargo, esto no significa que todo esté perdido, porque los magos de las prestigiosas academias de magos flotantes están luchando contra estos monstruos.
Kanata Age es un joven que ahora es etiquetado como traidor a pesar de que una vez fue alabado como el "Maestro Espadachín Negro". Tiene la oportunidad de reparar su reputación instruyendo al equipo E601, que parece tener algunas dificultades. Está formado por tres chicas, Misora Whitale, Lecty Eisenach y Rico Flamel, cada una con sus propios problemas. Parece que Kanata se meterá en aguas profundas más de una vez por culpa de ellas...
