De niño, Riki Naoe se aisló del mundo, gracias a un diagnóstico de narcolepsia tras la trágica muerte de sus padres. Sin embargo, Riki se salva cuando, un fatídico día, un chico llamado Kyousuke le recluta para formar parte de un equipo que se hace llamar los Little Busters. Acompañados por Masato, Kengo y Rin, estos inadaptados pasan su infancia luchando contra el mal y disfrutando de su juventud.
Pasan los años, e incluso en el instituto, los bien unidos compañeros de equipo permanecen juntos. Kyousuke decide reactivar a los Little Busters formando un equipo de béisbol, ya que será su último año escolar con ellos. Pero tienen un problema: ¡no hay suficientes miembros! Las tornas han cambiado, ya que ahora es el turno de Riki de reclutar a nuevos amigos para los Little Busters, tal y como Kyousuke hizo una vez por él.
Entonces surge un presagio: Rin encuentra una extraña carta adjunta a su gato, en la que se les asigna la tarea de descubrir el "secreto de este mundo" completando tareas específicas. ¿Cuál es ese secreto y por qué se oculta? Los Little Busters tendrán que averiguarlo.
