La estudiante de tercer grado Takamachi Nanoha se encuentra con un hurón que habla después de escuchar sus telepáticos llantos pidiendo ayuda. El hurón resultó ser Yuuno, un arqueólogo y mago de otro mundo que ha desperdigado accidentalmente las peligrosas Jewel Seeds por la Tierra. Sin la fuerza para recuperarlos, Yunno se convirtió en hurón y buscó ayuda. Yunno da la joya roja a Nanoha, y le explica que con ella se podrá transformar y usar magia para combatir los monstruos que les acechan para recuperar las Jewel Seeds.

Pero los monstruos serán el menor de sus problemas, pues Yuuno y Nanoha no son los únicos que buscan las Jewel Seeds.