Madoka Kaname y Sayaka Miki son chicas normales de secundaria con vidas normales, pero todo cambia cuando se encuentran con Kyuubey, un familiar mágico parecido a un gato, y con Homura Akemi, la nueva estudiante transferida.
Kyuubey les ofrece una propuesta: les concederá cualquiera de sus deseos y, a cambio, cada una de ellas se convertirá en una chica mágica, obteniendo el poder suficiente para cumplir sus sueños. Sin embargo, Homura Akemi, una chica mágica, les insta a no aceptar la oferta, afirmando que no todo es lo que parece.
Una historia de esperanza, desesperación y amistad, Mahou Shoujo Madoka★Magica trata de las dificultades de ser una chica mágica y del precio que hay que pagar para hacer realidad un sueño.
