Es el año 0083 del Siglo Universal. El rebelde Principado de Zeon ha sido derrotado en la Guerra de un Año por la Federación Terrestre. Sin embargo, una facción de los remanentes de Zeon liderada por Aguille Delaz huyó de la batalla final, escondiéndose. Después de tres largos años, intentan alzarse de nuevo, enviando al piloto as de Delaz, Anavel Gato, a infiltrarse en una base de investigación de la Federación para robar uno de los dos prototipos de Gundams desarrollados en secreto junto con su mortífera cabeza nuclear.
Amenazada por el Gundam rebelde y tratando de mantener la paz, la Federación Terrestre moviliza el recién desarrollado portaaviones Albion para recuperar la unidad robada. Tripulado por los pilotos de pruebas restantes, con el piloto novato Kou Uraki pilotando el prototipo de Gundam restante, el Albion y su tripulación están decididos a detener a Gato, recuperar el Gundam robado y evitar que los restos de Zeon inicien otra guerra.
