En el año 123 del Siglo Universal, las escaramuzas entre el gobierno de la Federación y el grupo rebelde Crossbones Vanguard resuenan en todas las colonias espaciales de la Tierra. Una de estas pequeñas batallas estalla en la ciudad natal del joven Seabook Arno, lo que lo obliga a él y a sus amigos a huir y los ve envueltos en la agitación política que se está convirtiendo rápidamente en una guerra total.
Seabook conoce a Cecily Fairchild, nieta del aristócrata Meitzer Ronah, quien busca crear un nuevo poder político llamado «Cosmo Babylonia». Utilizando a Crossbones Vanguard como su fuerza de choque, la familia Ronah trama restaurar el dominio aristocrático y establecer un sistema económico que beneficie a la nobleza, lo que devastaría la calidad de vida de la gente común de la Esfera Terrestre.
Seabook tiene la misión de pilotar el Gundam F91, un mobile suit creado por su madre, y debe elegir entre proteger el statu quo de la Federación o cooperar con Cecily para encontrar una mejor forma de vida para todos.
