En el año 0071 de la Era Cósmica, la colonia espacial Heliópolis se mantiene neutral en la gran guerra que asola la galaxia entre los Coordinadores —seres humanos cuyos rasgos biológicos han sido alterados antes de nacer— y los Naturales, personas no alteradas que permanecen en el planeta Tierra. El profundo odio de los Naturales hacia los Coordinadores llevó a estos seres avanzados al espacio, en busca de refugio en colonias artificiales.
Kira Yamato es un Coordinador y estudiante universitario en Heliópolis, su vida se ve alterada cuando ZAFT, la organización militar compuesta por Coordinadores rebeldes, ataca la colonia con el objetivo de robar un conjunto de cinco trajes móviles militares de última generación conocidos como Gundams.
Aunque ZAFT logra llevarse cuatro de los trajes móviles, Kira toma el control del último Gundam, el Strike. Tras sobrevivir a la batalla, Kira y sus amigos de la universidad se unen a la tripulación del Archangel, una nave operada por la Alianza Terrestre, y los jóvenes soldados experimentan los horrores de la guerra y la pérdida que esta conlleva.
