Los mejores amigos Yuu, Haru y Kotona disfrutan juntos de una tranquila vida en el instituto. Un día, sin embargo, un hombre sospechoso persigue y apuñala a Kotona, una catástrofe que Yuu y Haru no consiguen evitar. Mientras se apresuran a llevar a la chica al hospital, los dos chicos casi son atropellados por un camión, pero salen milagrosamente ilesos. En su lugar, se encuentran en un reino de cuento de hadas con una exótica diversidad de personas y criaturas maravillosas.
Para su sorpresa, los chicos descubren que Yuu, que ha estado confinado a una silla de ruedas desde su infancia, ahora puede caminar. Sin embargo, no tienen tiempo para reflexionar sobre la desconcertante situación, ya que su amiga ha desaparecido. Para encontrar a Kotona, Yuu y Haru se detienen en un bar local para preguntar por ella. Pero al inspeccionar una foto de Asha, la princesa del reino, los dos tienen una revelación impactante.
Narrando una extraordinaria aventura en un mundo mágico, Ni no Kuni demuestra la especial conexión entre dos mundos separados pero paralelos y su manifestación de los lazos entre individuos.
