La historia empieza con el cierre de Yggdrasil, un popular videojuego online. Sin embargo, nuestro protagonista Momonga, de decide no irse del juego. Debido a su decisión, es transformado en un esqueleto conocido como "el mago más poderoso". El mundo sigue cambiando, con personajes que no son jugadores (NPCs) que empiezan a sentir emociones. Sin tener padres, amigos, o un lugar en la sociedad, este joven ordinario llamado Momonga se esfuerza por tomar posesión de este nuevo mundo en que se ha convertido el videojuego.
