En 2113, el Ministerio de Asuntos Exteriores disolvió su unidad paramilitar secreta conocida como los Peacebreakers. Sin embargo, el escuadrón desapareció y sus actividades siguieron siendo un misterio. Cinco años más tarde, los Peacebreakers resurgen cuando asesinan a Milcia Stronskaya, una científica en posesión de documentos altamente clasificados esenciales para el futuro del Sistema Sybil, la estructura de vigilancia japonesa que detecta a posibles criminales en la sociedad.
Para investigar el incidente y preparar un enfrentamiento contra los Peacebreakers en coordinación con el MFA, el jefe de la Oficina de Seguridad Pública decide reclutar de nuevo en el cuerpo al antiguo Enforcer Shinya Kougami. Tras desertar hace años, Kougami trabaja actualmente para el MFA bajo el mando de Frederica Hanashiro. El regreso de Kougami crea tensiones entre él y sus antiguas compañeras Akane Tsunemori y Nobuchika Ginoza, pero deberán dejar a un lado sus rencores pasados para centrarse en garantizar la seguridad del Sistema Sybil.
