A finales del siglo XIX, cuando los crueles tiempos del periodo Bakumatsu llegaban a su fin, una nueva era Meiji marcó la época de la restauración de Japón. Con el fin de la guerra, su infame héroe Hitokiri Battousai desapareció sin dejar rastro, dejando solo su leyenda.
Años más tarde, un vagabundo aparentemente corriente llamado Kenshin Himura se encuentra con Kaoru Kamiya, la propietaria de un dojo local en dificultades en Tokio. Kaoru persigue a un autoproclamado Battousai que deambula por las calles matando indiscriminadamente a ciudadanos y policías. Además, el guerrero profesa utilizar el Kamiya Kasshin-ryu, un estilo de espada desarrollado por el padre de Kaoru y profundamente arraigado en la esencia de la vida, no de la muerte.
Kenshin decide ayudar a Kaoru a acabar con el impostor y restaurar el dojo de su padre. Sin que nadie lo sepa, Kenshin no es otro que el verdadero guerrero cuyo nombre aún aterroriza a la gente. Aunque Kaoru finalmente descubre la verdad, su juramento de expiar su pasado asesino protegiendo sin derramar sangre a los débiles la conmueve, y ella le da la bienvenida a Kenshin para que se quede en su dojo. Sin embargo, los ideales de Kenshin pronto se ven desafiados por los fantasmas del pasado y los enemigos del presente.
