Tras vivir unos días tranquilos en el dojo Kamiya, Kenshin Himura se encuentra en una encrucijada crucial, ya que su promesa de no volver a quitar una vida se pone a prueba.
Tras el asesinato de su antiguo comandante, ahora tiene que volver a recorrer el camino de la violencia y la sangre para acabar con Makoto Shishio, el asesino prodigio que se autoproclama sucesor del famoso Battousai. Con la ambición de derrocar al gobierno Meiji y establecer su dominio en Kioto, Shishio ha tramado meticulosamente durante una década, creando una formidable fuerza militar antigubernamental. Ahora, Shishio ha puesto su mirada en reclutar a Aoshi Shinomori, un asesino a sangre fría y antiguo líder de los legendarios guerreros del Grupo Oniwaban.
Mientras Kenshin viaja por un pueblo abandonado por el gobierno y actualmente bajo el puño de hierro de los secuaces de Shishio, está decidido a evitar que el país vuelva a caer en una guerra civil. Se alía con su antiguo rival, Hajime Saitou, forjando una frágil alianza en una batalla contra el imperio de Shishio que determinará el destino de Japón.
