La historia gira en torno a Maya, la hija del antiguo director de la Academia Waldstein, y a Fumiaki Uchida, un agente que viaja en el tiempo. En el año 2012, el mundo había sido invadido por alienígenas y se envió a viajeros en el tiempo al año 1999 con el fin de encontrar y destruir la Llave de Nostradamus, que según la profecía de Nostradamus provocaría el apocalipsis. La serie se traslada entonces al año 1999, donde Maya regresa a la Academia con la intención de destruirla sustituyendo a su difunto padre como director. Su plan se ve interrumpido cuando conoce a Fumiaki y se entera de la inminente destrucción. A pesar de desconfiar de Fumiaki, ambos forman un pacto para buscar la Llave de Nostradamus.
Para encontrar la Llave de Nostradamus, se proporcionó a los agentes del tiempo teléfonos celulares especialmente creados. Cuando un usuario encuentra un objeto de interés, al pensar en destruirlo y tomar una foto, si la imagen resultante es la de un mundo pacífico, entonces el objeto es la Llave de Nostradamus. Por el contrario, si el objeto no es la Llave de Nostradamus, la foto muestra destrucción. Utilizando el teléfono, Maya y Fumiaki investigan los sucesos ocultos que ocurren en la ciudad.
