Quince años después de un evento cataclísmico conocido como el Segundo Impacto, el mundo se enfrenta a una nueva amenaza: unos seres celestiales monstruosos llamados Ángeles invaden Tokio-3 uno tras otro. La humanidad es incapaz de defenderse de los Ángeles a pesar de utilizar su armamento y sus tácticas militares más avanzadas. La única esperanza para la salvación de la humanidad recae en manos de NERV, una misteriosa organización dirigida por el frío Gendou Ikari. NERV opera robots humanoides gigantes llamados «Evangelions» para combatir a los Ángeles con armamento de última generación y barreras protectoras conocidas como Campos de Terror Absoluto.
Años después de haber sido abandonado por su padre, Shinji Ikari, el hijo de 14 años de Gendou, regresa a Tokio-3. Shinji libra una batalla interna perpetua contra el trauma profundamente enterrado causado por la pérdida de su madre y el abandono emocional que sufrió a manos de su padre. Aterrorizado por abrirse a otra persona, la vida de Shinji cambia para siempre al conocer a Misato Katsuragi, de 29 años, una oficial de alto rango de NERV que le muestra una bondad maternal y de espíritu libre que él nunca ha experimentado.
Un devastador ataque de los Ángeles obliga a Shinji a entrar en acción mientras Gendou revela su verdadero motivo para invitar a su hijo a regresar a Tokio-3: Shinji es el único niño capaz de pilotar eficazmente la Unidad Evangelion-01, un nuevo robot que se sincroniza con sus datos biométricos. A pesar del brutal trauma psicológico que le provoca pilotar un Evangelion, Shinji defiende Tokio-3 contra la amenaza de los Ángeles, ajeno a las oscuras maquinaciones de su padre.
