Han pasado seis meses desde la victoriosa Batalla de Britannia y la recuperación de Gallia de los invasores Neuroi. Yoshika Miyafuji, miembro de la famosa 501ª Ala de Caza Conjunta, ha vuelto a casa, a Fuso, y se ha graduado en la escuela secundaria.
Sin embargo, su lucha está lejos de terminar. Recibe una carta supuestamente enviada por su padre, fallecido hace mucho tiempo, que contiene los planos de una unidad de ataque de última generación en la que había estado trabajando antes de su muerte. La Unidad, diseñada específicamente para Yoshika, podría ser capaz de aprovechar sus extraordinarios poderes mágicos.
Mientras tanto, una nueva amenaza se cierne sobre Europa. Un nido Neuroi de un tamaño y poder sin precedentes ha aparecido sobre Venecia, aniquilando a las fuerzas Witch locales y engullendo instantáneamente la parte norte del país. Para empeorar las cosas, un nuevo tipo humanoide de Neuroi está intentando entrar en contacto con los humanos.
Yoshika, incapaz de abandonar a sus amigas en el frente, debe aventurarse de nuevo en el continente devastado por la guerra.
