Tras repeler la amenaza de una invasión Neuroi en Romaña y destruir el nido enemigo sobre Venecia, Yoshika Miyafuji regresa a su ciudad natal en el Imperio de Fusou. A pesar de la pérdida de sus habilidades mágicas y curativas, la antigua oficial del Ala de Caza Conjunta 501 quiere seguir estudiando medicina. Su objetivo es ayudar a los necesitados, tanto civiles como soldados. Recibe una invitación de una prestigiosa escuela de Europa y decide aceptar la oferta, embarcándose en un viaje de regreso al continente devastado por la guerra.
Sin embargo, surge un nuevo peligro, ya que cada vez más Neuroi consiguen traspasar las líneas de defensa humanas, apareciendo desapercibidos en zonas supuestamente seguras y alterando el equilibrio de poder en Europa. El sentido del deber de Yoshiki choca con su incapacidad para pilotar una Striker Unit, pero con sus amigos en peligro, parece que sólo hay una cosa que pueda hacer.
