Los preparativos para una nueva ofensiva contra los Neuroi -una misteriosa raza de invasores alienígenas- están en marcha. El objetivo es asegurar Berlín, la capital del Imperio de Karlsland, algo necesario para acabar con la amenaza Neuroi en Europa. Sin embargo, dado que el enemigo es capaz de adaptarse diariamente al campo de batalla, las fuerzas aliadas y el estado actual de la tecnología Striker podrían no ser suficientes para lograr una victoria.
Mientras tanto, Yoshika Miyafuji, una bruja de Fuso, continúa sus estudios de medicina en Lausana. Tras recuperarse de un reciente incidente que la privó de su poder mágico, está ansiosa por colaborar en el esfuerzo bélico. La llamada a las armas no tarda en llegar y las brujas dispersas del Ala de Caza Conjunta 501 deben reunirse de nuevo para dar un último empujón al enemigo.
