Tras haber cumplido su destino durante los acontecimientos de Yuuki Yuuna wa Yuusha de Aru, el Club de Héroes de la Escuela Secundaria Sanshu -formado por Yuuna Yuuki, Karin Miyoshi y los hermanos Fuu e Itsuki Inubouzaki- vuelve a estar en plena actividad, ayudando a los necesitados siempre que pueden. También han conseguido un nuevo miembro, una heroína del pasado llamada Sonoko Nogi. Pero con el tiempo se dan cuenta de que alguien que debería estar entre ellas, Mimori Tougou, ha desaparecido; cualquier rastro de su existencia ha desaparecido por completo, salvo los recuerdos de las chicas.
Sin pistas sobre el paradero de Tougou, las chicas recuperan la capacidad de transformarse y comienzan la búsqueda desesperada de su amiga perdida. Pero lo que encuentran es más impactante de lo que ninguna de ellas podría haber imaginado jamás, y las consecuencias de sus acciones empiezan a cambiar la vida tal y como la conocen.
